現在、エディタとして圧倒的に世界最大のアクティブユーザー数を誇る Visual Studio Code を利用して取得するのがおすすめです。
「Remote Repositories」の機能を利用して、対象のリポジトリを閲覧しましょう。
そうすれば、「特定のディレクトリ以下」のサブディレクトリだけを「取得」といったことが簡単に出来ます。
今のところ、コマンドなどを入力しない方法としてはこの方法が一番お手軽でかつ、視覚的ですので間違いを防止できます。
Githubにおいて、リポジトリのサブディレクトリだけを取得するといった公式の手段は提供されていません。
いくつか手段がありますが、一番お手軽となる、Chromeのプラグインの「GitZip」を利用する方法を簡易に説明しています。
Chromeのプラグインとなる、 GitZip for github をChromeプラグインとして追加します。
下図の例でいうと、hm_python3のディレクトリをダウンロードしたい場合には、
(図では赤い〇で囲ってある)ディレクトリのアイコンを「ダブルクリック」します。
そうすると、「ディレクトリアイコン」の左に「チェックマーク」が付き、画面右下に「ダウンロード」を示すアイコンが現れます。
この「ダウンロード」を示す「アイコン」にマウスを当てると下図のようになります。
この状態でマウスをクリックするとダウンロードできます。